2007年审批的一级国家重点学科我校4个，二级国家重点学科6个。4个一级重点学科共覆盖15个二级重点学科，加上6个未被覆盖二级重点学科，至此我校函盖的二级国家重点学科数达到21个。
一级学科国家重点学科：
力学、水利工程、化学工程与技术、管理科学与工程
二级学科国家重点学科（包括一级覆盖的二级学科）：
计算数学、等离子体物理、一般力学与力学基础、固体力学、流体力学、工程力学、机械制造及其自动化、结构工程、水文学及水资源、水力学及河流力学、水工结构工程、水利水电工程、港口、海岸及近海工程、化学工程、化学工艺、生物化工、应用化学、工业催化、环境工程、船舶与海洋结构物设计制造、管理科学与工程
2002年审批的国家重点学科我校有9个：
计算数学，等离子体物理，工程力学，机械制造及其自动化，水工结构工程，港口、海岸及近海工程，应用化学，船舶与海洋结构物设计制造，管理科学与工程 。
